基礎醫學院始建于1951年5月，原為白求恩醫科大學基礎醫學部，1992年改“部”為“院”，是吉林大學集基礎醫學教育與科研于一體的重要教學基地。

學院以醫學教育體制改革為契機，不斷更新教育觀念，深化教育改革，改善教學條件，辦學水平進一步提高，逐步形成了自身特色和優勢。學院現有教職員工239人，其中，教師161人，教授59人，副教授49人，博士生指導教師36人，國家級教學名師1人、1人、唐敖慶特聘教授5人。病理學國家級優秀教學團隊1個，省級優秀教學團隊4個。病理學國家級優秀教學團隊1個，省級優秀教學團隊5個。病理學國家級精品課程1門，省級精品課程8門，主編國家“十一五”、“十二五”規劃教材8部。《臨床醫學課程整體優化研究》和《病理學系列教材建設的理論和實踐》分別獲2001年和2009年國家教學成果二等獎。基礎醫學實驗教學中心于2012年被教育部、財政部批準為國家級實驗教學示范中心。

學院非常重視學科建設和科研工作，不斷提高創新意識，學科建設和科研水平明顯提升。基礎醫學、生物學一級學科博士學位授權點覆蓋學院所有二級學科。現有病理生物學教育部重點實驗室1個，教育部創新團隊1個。近五年來，共獲得各類科研項目400余項，其中，973計劃2項，國家“十二五”科技重大專項1項，國家自然科學基金重點項目1項，重大國際合作項目2項，面上項目68項。獲得省部級以上獎勵18項，其中國家科學技術進步二等獎1項、中華醫學科技獎一等獎1項、二等獎2項、省發明獎一等獎1項、省科技進步二等獎3項、三等獎7項。作為第一單位發表SCI收錄論文300余篇。順利完成211二期工程、985二期工程的建設，目前正在進行三期工程建設。