中南大學基礎醫學院前身為湖南醫科大學基礎課部，始建于1956年，1984年初更名為基礎醫學系，1993年更名為基礎醫學院，2000年中南大學合并，2002年重組中南大學基礎醫學院。

中南大學基礎醫學院伴隨“百年湘雅”的發展不斷成長壯大，是我國現代基礎醫學的發祥地之一，已成為集教學、科研和社會服務于一體的國家基礎醫學高級專門人才培養和科學研究基地。學院現有基礎醫學、生物學和特種醫學3個一級學科的博士點與博士后流動站以及1個生物醫學工程碩士點。擁有1個國家重點二級學科（病理學和病理生理學），2個湖南省重點一級學科（基礎醫學、生物學），4個湖南省重點二級學科（人體解剖與組織胚胎學、病原生物學、生理學、腫瘤學）；1個國家干細胞研究工程中心、7個省部級重點實驗室。免疫學、生物學與生物化學、遺傳學與分子生物學進入ESI全球前1%。學院現有基礎醫學、法醫學和生物醫學工程3個本科生招生專業，擁有腫瘤學、干細胞工程與遺傳學、神經生物學、生理學、免疫學、解剖與組織胚胎學、病理學與病理生理學和病原生物學等30余個研究生招生學科和方向；在讀本科生、碩士和博士研究生1000余人。