商學院是學校辦學歷史最悠久、師資力量最強、辦學規模最大的學院之一，前身是云南財貿學院商業經濟系。1979年建系之初便開始招收商業經濟專業大專學生。1982年正式招收第一屆本科生。1994年4月組建工商管理學院。2003年7月，學校成立公共管理學院和商學院，市場營銷專業劃歸商學院，其余專業保留在工商管理學院。2007年3月，學校成立MBA教育學院。2013年，由原商學院部分、工商管理學院和MBA學院組建成立新商學院。

學院于2020年11月起參加AMBA&BGA認證，已經成為AACSB會員，2024年3月30日，學校收到國際工商管理碩士協會（The Association of MBAs，簡稱 AMBA）暨商學院畢業生協會（Business Graduates Association，簡稱BGA）的賀信，祝賀我校商學院正式通過BGA金牌認證。學校成為云南省首個通過BGA認證的院校。

本科專業設置：學院有管理科學、工商管理、人力資源管理、市場營銷、電子商務、互聯網金融6個本科專業。其中市場營銷、工商管理、電子商務和管理科學4個本科專業進入年國家級一流本科專業建設點名單，人力資源進入云南省一流本科專業建設點名單。工商管理專業獲批云南省特色專業和省級重點專業。至2022年底，商學院擁有學校第一批被列為云南省重點學科建設的學科——企業管理學，擁有國家級特色專業1個（市場營銷學）、省級重點專業1個(工商管理)、省級特色專業1個(工商管理)，省級人才培養模式創新實驗區1個(人力資源管理)。

碩士研究生專業設置：1999年，獲批企業管理碩士學位授予權。2005年，設置市場營銷碩士專業（以前為企業管理碩士研究生專業下設置市場營銷方向）。2006年，獲批技術經濟與管理碩士學位授予權并于2007年招生。2007年5月，設立工商管理（MBA）專業碩士點。2011年7月，獲批電子商務碩士點。至2021年，學院擁有企業管理、技術經濟及管理、電子商務、市場營銷4個學術型碩士學位授予點和MBA專業學位點。