錦州醫科大學藥學院的前身為錦州醫學院（現為錦州醫科大學）藥學系，始創于1994年；隨著學院的發展2002年3月更名為藥學院。1998年起，招臨床藥學五年制本科生。2002年至2003年又相繼增招了藥學專業四年制本科生和醫藥經貿專業四年制本科生。2001年申報生藥學碩士學位授予權，2002年開始招收生藥學碩士研究生。2005年獲批成為藥學一級學科碩士授予權單位。2010年藥學專業碩士學位通過國務院學位委員會審批，2011年招收藥學專業學位碩士研究生。

藥學院以本科教育為主，大力發展研究生教育。面向遼寧乃至全國，培養藥品研發、生產、管理、服務、監測等方面的高級藥學專業人才。現開設藥學專業（四年制本科）,具有藥學專業學士學位授予權和藥學碩士學位授予權。

藥學院下設6個教研室、1個中心實驗室和1個遼寧省藥物作用與質量評價工程技術中心。現有專職教師44人。專職教師中教授5名，副教授14名，講師21名；博士研究生占教師總人數40%，碩士研究生占教師總人數90%以上。現有學術帶頭人11名，研究方向11個。現有碩士研究生導師16名，承擔藥物分析學、藥劑學、藥物化學、生藥學、微生物與生化學等學科碩士研究生的培養任務。