南昌大學食品學院源于1984年創辦的原江西工業大學食品工程系和江西大學食品科學系。1987年江西工業大學成立“食品工業學院”，時任中共中央政治局常委陳云為學院題名。1993年江西大學和江西工業大學合并組建南昌大學，原江西工業大學食品工業學院與原江西大學食品科學系合并，組建南昌大學食品工業學院，1994年與生物科學工程系重組為南昌大學生命科學與食品工程學院。2014年因學科發展需要，成立食品學院。

學院現有食品科學國家重點學科（全省共2個）、“211”工程重點建設學科和江西省重點學科。擁有我國高校食品科學領域唯一的國家重點實驗室---食品科學與技術國家重點實驗室，農產品生物高效轉化技術國家地方聯合工程研究中心、中國-加拿大食品科學與技術聯合實驗室（南昌）以及食品安全國家示范型國際科技合作基地等4個國家級科研平臺；有食品科學教育部重點實驗室和生物質轉化教育部工程研究中心等省部級科研平臺12個，形成了集科學基礎研究、關鍵核心技術和項目成果轉化為一體，產學研用聯動的高效創新平臺（目前全國同時擁有國家重點實驗室和國家工程中心的雙平臺布局的高校僅兩所）。

在2017年12月公布的全國第四輪學科評估中, 南昌大學食品科學與工程學科（0832）位居食品學科全國第三，成為江西省高校學科排名首個進入全國前三的學科，是江西省唯一獲評A級的學科；2017年食品學院食品科學技術與健康學科群入選“南昌大學世界一流學科引領計劃”； 2020年1月《美國新聞與世界報道》 （《U.S.News & World Report 》）發布的“US News 全球大學排名”（US News Best Global Universities）中，南昌大學農業科學學科（以食品為主）位居全球第20位；軟科2020年6月世界一流學科排名，南昌大學食品科學與工程排名第11位； 謝明勇、聶少平兩位教授2018、2019連續兩年入選科睿唯安全球“高被引科學家”。根據美國ESI（Essential Science Indicators，基本科學指標庫）公布的數據顯示，2020年9月南昌大學農業科學學科（以食品為主）進入ESI全球排名前1.3‰； 標志著我院食品學科已經進入了國際高水平學科行列，正向世界一流學科穩步前進！