北京林業大學從1997年開始招收環境科學專業本科生，2003年開始招收環境科學學科碩士研究生。隨著我國經濟建設的高速發展，對環境保護提出了更高的要求，為了適應國家需求，學校將環境學科作為發展重點，于2007年4月正式成立環境科學與工程學院。學院2010年獲批“環境工程”專業學位碩士授權點，學院開始招收全日制和在職工程碩士研究生。2011年，學院獲批“環境科學與工程”一級學科碩士點。次年參加國家學科評估，在全國82所參評高校中排名第39位，在碩士點中排名第3。2016年，學院再次參加國家學科評估，評估結果為B-，在全國155所參評高校中排名第47位。

學院已形成一支知識結構、學緣結構、年齡結構合理的高學歷師資隊伍，34名教師全部具有博士學位，均來自于國內外知名高校和中科院，包括19名博士生導師。其中獲得國家級專項人才榮譽3人次，教育部獎項6人次，環保部獎項2人次，北京市獎項7人次。學院教師面向國家需求，積極參與生態環境保護的科學研究工作。2016-2019年承擔國家自然科學基金、國家水體污染控制與治理科技重大專項等國家級、省部級各類項目89項，到賬科研經費5100萬，獲得省部級獎勵4項，獲準國家發明專利授權25項，發表SCI論文257篇，出版全英文專著2部。

環境科學與工程學院面向國家重大科技需求，結合京津冀協同發展戰略，致力于解決復雜生態環境問題的科學研究和高素質專業人才的培養，已形成具有鮮明特色和優勢的4個學科方向：（1）水污染控制與生態修復。重點研究面源污染控制、污染水體生態修復與景觀構建和有毒難降解有機廢水處理技術及產業化應用；（2）固體廢物處置與資源化利用。重點研究農林廢棄物制肥、沼氣生產、化感物質提取以及污泥脫水、高效厭氧消化、堆肥及林業應用；（3）環境功能材料研發與應用。重點研究用于水中重金屬、有機污染物和工業廢氣NOx、CO2及林產品加工中VOCs強化去除的功能材料及工程應用；（4）新興污染物環境行為與控制。重點研究新興污染物的分析方法、環境化學行為與控制技術。

環境科學與工程學院學術氛圍濃厚。2009年學院獲北京市教委批準籌建“污染水體源控與生態修復技術”工程研究中心（北京市首批），2011年獲批北京市重點實驗室“水體污染源控制技術”掛牌建設（學校首批）。學院設有環境工程、環境科學、給排水科學與工程3個本科專業，擁有生態學一級學科下自主設立的二級博士學科生態環境工程學位授權點、環境科學與工程一級學科碩士學位授權點和環境工程領域專業碩士學位授權點。經“211”工程、“985”工程優勢學科創新平臺等的建設，學院科研和教學平臺得到極大的完善和改進，先后獲批“污染水體源控制技術”北京市重點實驗室和“污染水體源控制與生態修復技術”北京市教委工程研究中心。擁有實驗室面積3000多m2，固定資產總值約6000余萬元，10萬元以上的儀器設備41臺（套），40萬元以上精密儀器設備10臺（套），100萬元以上精密儀器設備2臺，為學院的科學研究和人才培養創造了良好的工作環境。學院十分重視國際交流與合作，已與美國、英國、加拿大、德國、法國、澳大利亞、日本、韓國等國家在學術交流、專家互訪、合作研究等方面建立了良好關系，積極組織本單位師生開展科研活動和學術交流，年均邀請境內外專家來校交流講座10余人次，師生年均20多人次出國參加各類國際會議，并發表口頭報告。

學院廣泛開展學術合作與交流，與國內外20余所高等院校和科研機構建立了密切的合作關系。兩項科研成果分別轉讓到澳大利亞和泰國；與以色列和法國開展了兩項國際合作項目；并且每年組織40余名師生出國參加學術會議并作報告。