山西醫科大學基礎醫學院辦學歷史可以追溯到1919年“私立山西川至醫學?？茖W校”建校初期，當時即開設有人體解剖學、藥理學、微生物學等多門醫學基礎課程。1958年初成立基礎醫學部，1999年更名為基礎醫學院。

在一代代師生員工的共同努力下，學院得到了長足發展。尤其近十年來，學院搶抓機遇，注重內涵建設，各項工作均取得了顯著成績。

目前，基礎醫學院下設1個學系、12個教研室、7個實驗室、5個研究所、1個國家級實驗教學示范中心（基礎醫學）、1個省級虛擬仿真實驗教學中心（基礎醫學）?，F有2個一級學科博士授權點和2個一級學科碩士授權點(基礎醫學、生物學)、1個博士后流動站（生物學）；1個國家重點學科、1個部級重點實驗室，3個省級重點學科，2個創新團隊，擁有一批國內先進水平的科研基地和實驗技術平臺。